EELK Usuteaduse Instituudi õpilaskonna moodustavad pastoraalseminaris õppivad vaimulikuameti kandidaadid, tasemeõppes õppivad üliõpilased ja kirikumuusika osakonnas õppivad õpilased.
Instituudi suurima õppijategrupi üliõpilaskonnal on valitud esindus. Üliõpilased on esindatud ka usuteaduskonna nõukogus, EELK UI kõrgeimas kollektiivses otsustuskogus instituudi nõukogus (1/5 koosseisust) ja EELK UI TTA nõukojas. Üliõpilasesindusega saab kontakti e-posti aadressil esindus@eelk.ee.