Eesti kirikuajaloo iseseisev õpetamine Tartu Ülikooli usuteaduskonnas algas 1920. aastal. Aluse luterlik-rahvuslikule ja eestikesksele kirikuajaloole pani professor Olaf Sild (1880–1944). Usuteaduskonna likvideerimisega 1940. aasta 31. augustil katkes ülikooli kontekstis kirikuloo iseseisev õpetamine. Ülesande võttis üle 1943. aasta veebruaris asutatud Usuteaduse Instituut Tartus, kus kirikuloo õpetamist ja eksamineerimist jätkas professor Olaf Sild.
Pärast sõda Tallinnas tegevust jätkanud Usuteaduse Instituudis vastutas kirikuajaloo õpetamise eest 1946. aasta oktoobrist kuni arreteerimiseni 1948. aasta veebruaris professori kohusetäitja ülesannetes mag.theol Adolf Horn. 1949. aasta aprillis jätkas selles ülesandes mag.theol Lembit Tedder, kelle ootamatu surm 1954. aastal avas võimaluse omakorda Hillar Põllule, kellest sai 1955. aastal ajaloolise usuteaduse õppeülesannete täitja. Eesti kirikulooga tegelemine jäi Põllul tahaplaanile. Tema panuseks jäi üldise kirikuloo õppematerjali (ca 2100 lk) koostamine.
See jättis ruumi omal initsiatiivil Eesti kirikulooga tegeleda Usuteaduse Instituudis ka Uku Masingul, kes tõi oma loengutega keskaja pöördeliste sündmuste harjunud ja omaksvõetud tõlgenduste kõrvale teistsuguse teedrajava vaate. Eesti vennastekoguduse ajaloo allikapõhise uurimisega ja kirikuloo õpetamisega tegeles korrapärasemalt vaimulik Voldemar Ilja, kes jõudis 1995. aastal Helsingi Ülikoolis ka doktoritöö kaitsmiseni. 1990ndatel õpetasid reorganiseeritud Usuteaduse Instituudis nii üldist kui ka Eesti kiriku ajalugu vaheldumisi Pille Valk ja Riho Altnurme ning 1998. aastast Riho Saard, 2017. aastast koos Priit Rohtmetsaga.
Eesti kiriku ajaloo uurimine on saanud oma peamised mõjud varasematel aastatel Saksamaalt ja Skandinaaviast ning teisalt ka kodumaiselt ajaloo uurimiselt. Distsipliinina on see näinud oma ülesandena jälgida peamiselt Eesti Evangeelset Luteri Kirikut ja usulisi nähtusi ühiskonna ja kultuuri üldarengu teatud osadena ja selle arengu valguses.
Eesti kristluse ajaloo historiograafia kohta loe lähemalt: Riho Saard. Ristitud eestlane. Kristluse ajalugu Eestis keskajast tänapäevani. Tallinn: Argo, 2018, 19–27.
Vt lähemalt:
Riho Saard. Eesti kirikuajaloo bibliograafia. Viron kirkkohistorian bibliografia. Bibliographie der estnischen Kirchengeschichte. (1918−1997).) Reports from the Department of Orthodoxy and East European Church Studies III. University of Helsinki. Helsinki 1998.
Eesti kiriku- ja religioonilugu. Toim. R. Altnurme. Tartu: Tartu Ülikooli kirjastus 2018.
Riho Saard. Ristitud eestlane. Kristluse ajalugu Eestis keskajast tänapäevani. Tallinn: Argo 2018.
Viron kirkkohistorian elpyminen vuoden 1991 jälkeen. – Aatteiden ja herätysten virrassa. Jouko Talosen juhlakirja. Toim T. Kapanen & N. Lamminparras. Suomen kirkkohistoriallisen seuran toimituksia 239. Helsinki 2019, 305−308.
Ajaloolase palve
Jumal, luba mul astuda õigel teel selles tohutus sündmuste rägastikus. Luba, et ma tõde ei väänaks ja ei astuks laiale teele, mis ei vii eesmärgile. Võta ära aastasadade raske kate sündmustelt, inimestelt ja nende mõtetelt ning ära luba mul olla ülekohtune ja hoolimatu nende vastu. Mu isiklik maitse ja meeldimus ärgu saagu luukideks ajaloo akendele, vaid suru need armutult kõrvale, et päike võiks paista ja valgustada